花菁染料是核酸染料的一種，具有摩爾吸收系數(shù)大和熒光量子產率高的優(yōu)點。通過共軛鏈長度的調節(jié)，花菁的光譜可以從可見光區(qū)一直延伸到近紅外區(qū)，采用紅區(qū)測量可有效地排除背景干擾，獲得更為理想的分析靈敏度和選擇性。花菁染料的光譜對外界微環(huán)境的變化極為敏感，非常適合生物及環(huán)境樣品的分析研究。方酸菁染料一類熒光強度高的有機染料，主要分布在紅色和近紅外區(qū)域(在630 - 670 nm之間有吸收峰，在650-700 nm之間有發(fā)射峰)。他們的特點是其獨特的芳香族四元環(huán)系統(tǒng)派生的平方酸。大多數(shù)的四元環(huán)受到高度缺電子的中心四元環(huán)的親核攻擊。這種阻礙可以通過在染料周圍形成輪烷來減弱，以保護它不受親核試劑的影響。